Un nuovo programma open source per lo studio delle caratteristiche biologiche dell’ecosistema dei tessuti

Il Dr. Schapiro ed i suoi colleghi hanno presentato la nuova piattaforma histoCAT, o HIStology Topography Cytometry Analysis Toolbox, per l’analisi dei fenotipi cellulari e le reazioni riportate nei dati di citometria sul Nature Methods. Il software computazionale ed open-source è stato sviluppato con l’obiettivo di delineare le caratteristiche peculiarità biologiche dell’ecosistema tessutale, sia da un punto di vista molecolare che spaziale; la corretta analisi ed interpretazione dei dati raccolti con tecniche di misurazione molecolare risulta propedeutica per, ad esempio, l’identificazione delle alterazioni all’interno degli spazi cellulari o intercellullari. Il programma andrà dunque a colmare quel vuoto presente fino ad ora nel campo dell’analisi multiplex per i tessuti solidi; a dispetto dei grandi progressi raggiunti in questo campo con le recenti tecniche FISSEQ, MIBI ed IMC, fino ad ora nessuno si era soffermato a considerare lo sviluppo di un tool capace di effettuare un’analisi a tutto tondo dei differenti livelli d’informazione registrati durante una misurazione multiplex tessutale ad elevata definizione spaziale. D’altra parte histoCAT descrive le modalità d’interazione cellulare con tessuti eterogenei e le complesse tipologie cellulari tramite una sinergica combinazione di citometria, analisi delle immagini ed avanzati algoritmi per la definizione dei processi d’interazione cellula-cellula. I ricercatori prospettano una prossima implementazione del programma nel riconoscimento delle malattie in base alle interazioni cellulari e concludono invitando “la comunità a prendere parte nell’ulteriore sviluppo di questo strumento per l’analisi dei dati d’imaging e patologia della prossima generazione”.