Il metodo Next Generation Sequencing (NGS) ha già una qualificata alternativa?

Condizioni fisiologiche o patologiche possono essere spesso caratterizzate dalla quantificazione precisa di specifici biomarcatori costituiti da acido nucleico. Sono disponibili diversi metodi che consentono il rilevamento di biomarcatori basati su RNA o DNA ma recentemente, il metodo Next Generation Sequencing (NGS) o “sequenziamento in parallelo” è diventato uno degli approcci preferiti per la sua elevata sensibilità, velocità e flessibilità. Tuttavia, nonostante i suoi vantaggi, il costo relativamente alto del NGS limita una sua più ampia applicazione e la tecnica comporta più tappe che spesso introducono errori tecnici che limitano una accurata quantificazione e quindi la possibilità di impiego nella determinazione dei biomarcatori. Gli Autori di questo articolo presentiamo un nuovo metodo, TAC-seq (Targeted Allele Counting by sequencing), sicuro ed economico, che utilizza le unique molecular identifier (UMI) per stimare il conteggio delle molecole originali di mRNA, microRNA e di DNA libero. I ricercatori hanno applicato questo metodo in tre diverse condizioni cliniche e confrontato i risultati con il metodo standard della NGS. Campioni di RNA estratti da biopsie endometriali umane sono stati analizzati utilizzando 57 biomarcatori di ricettività basati su mRNA precedentemente descritti e 49 microRNA selezionati a diversi livelli di espressione al fine di determinare la recettività endometriale permettendo di individuare il momento migliore per trasferire un embrione nell’ambito di un programma per trattamento dell’infertilità. La seconda applicazione è stata lo studio genetico prenatale del DNA libero con un prelievo di sangue della madre per individuare le più comuni malattie cromosomiali nel feto, quindi, anche in questo caso, in maniera non invasiva. Infine, la terza ed ultima applicazione del metodo TAC-seq è costituita dalla individuazione del profilo preciso del microRNA in diversi liquidi biologici che potrebbe quindi essere come biomarcatore di diverse condizioni patologiche, sempre in maniera non invasiva. Sulla base di questo “studio di fattibilità” in queste tre applicazioni, gli Autori dimostrano che il TAC-seq è un metodo di profilazione di biomarcatori accurato e con elevate potenzialità sia per la ricerca medica che per la diagnostica.