Le reti filogenetiche possono essere utilizzate per tracciare le fonti di infezione non documentate COVID-19

In un’analisi filogenetica della rete di 160 genomi completi dello human severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-Cov-2), un gruppo di ricercatori del McDonald Institute for Archaeological Research, University of Cambridge nel Regno Unito e dell’Institute of Clinical Molecular Biology, Christian-Albrecht-University of Kiel, in Germania, hanno individuato tre varianti centrali distinte del virus sulla base dei cambiamenti degli aminoacidi, che sono state denominate A, B e C. La variante A è il tipo ancestrale in accordo con l’outgroup del coronavirus del pipistrello. I tipi A e C si trovano in proporzioni significative al di fuori dell’Asia orientale, cioè negli europei e negli americani. Al contrario, il tipo B è il tipo più comune in Asia orientale e il suo genoma ancestrale sembra non essersi diffuso al di fuori dell’Asia orientale senza prima mutare nei tipi B derivati, indicando gli effetti del fondatore o la resistenza immunologica o ambientale contro questo tipo al di fuori dell’Asia. La rete traccia fedelmente le rotte di infezione per i casi documentati di malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), indicando che le reti filogenetiche possono anche essere utilizzate con successo per aiutare a rintracciare le fonti di infezione non documentate COVID-19, che possono quindi essere messe in quarantena per prevenire la diffusione ricorrente della malattia in tutto il mondo. I ricercatori mettono a disposizione gratuitamente il software usato e le classificazioni degli oltre mille genomi esaminati.